Идея создать главк «Смерш» вместо прежних особых отделов НКВД принадлежала лично Иосифу Сталину.
По словам эксперта Национального центра исторической памяти при президенте России Олега Матвеева, Сталин как нарком обороны лично правил все документы о создании новой структуры и ее структуре в центре и на фронтах.
Вождь замкнул на себя основные информационные потоки о недостатках в армии и результатах оперативной работы контрразведчиков, сообщил эксперт в интервью ТАСС.
Решение переподчинить военную контрразведку от НКВД к НКО было вызвано необходимостью готовиться к летнему наступлению 1943 года, а также итогами боев зимой и весной того же года, которые не везде дали желаемый результат.
Кроме того, с весны 1943 года резко активизировались германские спецслужбы — абвер и «Цеппелин», начавшие массово забрасывать разведчиков и диверсантов в советский тыл.
После реформы органы «Смерш» обязали информировать военные советы и командование Красной армии о борьбе с агентурой противника, проникших в части антисоветских элементах, а также о предательстве, дезертирстве и членовредительстве.
Копии докладных по личному указанию Сталина направляли Молотову, Берии, Маленкову, Микояну, а также в Генштаб и Главное политическое управление РККА.
На основе этих данных принимали постановления ГКО и издавали приказы наркома обороны.